Il faut défendre le soldat Raoult

L’AAAS, American Association for the Advancement of Science, a sorti ses longs couteaux pour discréditer le professeur Didier Raoult car, à l’évidence, il dérange le super-puissant complexe pharmaco-industriel américain dont l’un des membres et non des moindres puisqu’il s’agit d’Eli Lilly vient d’obtenir de l’Agence nationale de la Sécurité du Médicament (française) une autorisation temporaire d’utilisation pour un anticorps monoclonal protégeant contre le SARS-CoV-2 version Wuhan, mais inefficace contre les autres souches circulant majoritairement aujourd’hui. Cet anticorps est administré par perfusion et un flacon, dont on ignore la durée de vie dans le sang, coûte 1 000 euros pour un traitement.

Voici l’article paru sur le site de l’AAAS le 25 février 2020 que j’ai traduit de l’anglais afin que mes lecteurs comprennent l’ampleur du complot et la bassesse des arguments utilisés par la collaboratrice journalistique de l’AAAS Cathleen O’Grady pour ternir l’image du professeur Didier Raoult. Chaque fois qu’un mot ou une phrase de ce texte m’a dérangé j’ai laissé une note sous forme de numéros entre parenthèses et en caractères gras se reportant à mes remarques personnelles en fin de billet.

« Des revues scientifiques épinglées pour favoritisme »

Lorsque Didier Raoult a publié l’année dernière plusieurs études prétendant (1) montrer la promesse de l’hydroxychloroquine, un médicament antipaludique, comme traitement du COVID-19, les critiques ont rapidement dénoncé ses méthodes. Raoult, microbiologiste à Aix-Marseille Université, fait maintenant face à des mesures disciplinaires de la part d’un régulateur médical français, et le médicament a été largement discrédité en tant que traitement COVID-19. (2)

Mais certains chercheurs avaient une autre préoccupation : la publication étonnamment prolifique de Raoult dans la revue New Microbes and New Infections, où certains des collaborateurs de Raoult sont éditeurs associés et rédacteur en chef. Depuis la création de la revue en 2013, le nom de Raoult est apparu sur un tiers de ses 728 articles. Florian Naudet, métascientifique à l’Université de Rennes (3), s’est demandé à quel point cet état de fait était commun. Lui et ses collègues ont fait équipe avec la psychologue de l’Université d’Oxford Dorothy Bishop, qui avait développé une méthode pour identifier la paternité prolifique, pour explorer son étendue dans la littérature de recherche biomédicale.

Le groupe a extrait des données sur près de 5 millions d’articles publiés entre 2015 et 2019 dans plus de 5 000 revues biomédicales indexées par la US National Library of Medicine’s Broad Subject Terms, qui répertorie les thèmes des revues. Cette méthode n’a pas capturé les revues qui ne sont pas inscrites dans le catalogue avec ces termes de sujet – parmi elles, des revues moins connues telles que New Microbes et New Infections, dit Naudet. Les chercheurs ont ensuite compté le nombre d’articles que chaque auteur avait publiés pour identifier le chercheur le plus prolifique de chaque revue.

Dans la moitié des revues, l’auteur le plus prolifique a publié moins de 3% des articles. Mais 206 revues montraient des valeurs aberrantes, avec un seul auteur responsable de 11% à 40% des articles, rapporte l’équipe dans un pré-imprimé publié ce mois-ci. Bien que bon nombre de ces revues aberrantes soient obscures, certains sont des titres reconnaissables avec des facteurs d’impact importants : le Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, le Journal de l’American Dental Association et Current Problems in Surgery. Si de nouveaux microbes et de nouvelles infections avaient été inclus dans l’analyse, le taux de publication de Raoult le placerait dans les 10 journaux les plus aberrants. Raoult et Michel Drancourt, rédacteur en chef de New Microbes and New Infections, n’ont pas répondu aux demandes de commentaires.

Les chercheurs ont également comparé le temps écoulé entre la soumission et la publication et ont constaté que les auteurs prolifiques bénéficiaient d’examens par les pairs plus rapides. Et dans un échantillon aléatoire de 100 des revues aberrantes choisies pour un examen plus approfondi, les chercheurs ont trouvé ce qu’ils considèrent comme une preuve de favoritisme ou, comme ils l’appellent, de « népotisme » : pour environ un quart de ces revues, l’auteur prolifique était le rédacteur en chef de la revue, et dans 61% d’entre eux, l’auteur faisait partie du comité de rédaction. (4)

L’étude, qui n’a pas encore fait l’objet d’un examen par les pairs, est « bien faite », déclare Ludo Waltman, bibliométricien à l’Université de Leiden, et soulève des questions sur l’intégrité de la littérature scientifique. La co-auteure de l’étude, Clara Locher, pharmacologue à l’Université de Rennes, note qu’il reste du travail à faire car l’analyse ne montre pas si les articles rédigés par des chercheurs prolifiques de ces revues « népotistes » sont de moins bonne qualité. Naudet dit que demander aux lecteurs aveugles du statut des revues de noter un sous-ensemble d’articles pourrait éclairer cette question.

Mais Waltman met en garde contre les distinctions binaires simples entre les « bonnes » et « mauvaises » revues. Beaucoup tombent dans une zone grise, dit-il, et tracer des lignes claires risque de donner un cachet tacite d’approbation à des revues qui ne dépassent pas un seuil arbitraire mais qui peuvent encore avoir des problèmes importants.

Ce qu’il faut, dit-il, c’est plus de transparence de la part des revues sur leurs processus éditoriaux. Le meilleur moyen pour les revues d’éviter le népotisme, dit-il, serait de publier les commentaires des pairs évaluateurs de chaque article, permettant aux lecteurs de juger par eux-mêmes s’il a été correctement révisé. (5)

Notes:

• 
  Le Professeur Raoult n’a jamais rien prétendu au sujet de l’HCQ. Il a publié avec ses collaborateurs Philippe Colson et Jean-Marc Rolain en mars 2020 des résultats préliminaires décrivant la très forte baisse de la charge virale avec des malades souffrant du nouveau virus SARS-CoV-2 précocement traités avec de la chloroquine (et non pas de l’HCQ) dans la revue International Journal of Antimicrobial Agents. Ces tentatives ont été appliquées à partir des résultats obtenus par les médecins et biologistes chinois forts de leur expérience accumulée 20 ans pus tôt avec le SARS-CoV-1
• Depuis les premiers travaux relatifs à l’HCQ pour traiter les malades souffrant des symptômes provoqués par le SARS-CoV-2 plus de 1 000 études et méta-analyses ont montré que l’HCQ était un médicament de choix pour guérir les malades au stade précoce de la maladie mais ne présentait aucun effet pour traiter cette maladie au stade tardif pour les cas graves pour une raison lapidaire : au delà de 15 jours environ suivant la primo-infection la présence du virus est devenue indétectable et la maladie dans ses formes graves est le résultat de ce que l’on a coutume d’appeler l’orage cytokinique accompagné de troubles de la coagulation sanguine
• Le dénommé Naudet a-t-il écrit ce pamphlet sur commande ? On peut se poser la question. Dans le cas contraire il devrait se documenter au sujet des mécanismes gérant les publications scientifiques (voir infra)
• De nombreux scientifiques de renommée internationale font partie de comités de rédaction et de publication de revues scientifiques également de renommée internationales. Cette situation n’a rien à voir avec du népotisme. J’ai moi-même bénéficié de cet état de fait en publiant un article dans la revue Science, un article dans la revue PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences) et un article dans la revue Journal of Biological Chemistry, pour ne citer que quelques-uns d’entre eux, car le coauteur, dernier signataire de ces articles, était le directeur du laboratoire où j’effectuais mes travaux de recherche et il était membre de « l’editorial board » de ces revues
• Enfin les commentaires des « pairs » qui ont relu le manuscrit sont confidentiels et les identités de ces « pairs » ne sont pas communiquées aux auteurs d’un article soumis à publication. Le directeur de la publication se contente le plus souvent d’un résumé des remarques des relecteurs qu’il communique à l’auteur principal en cas de refus de publication. La raison en est simple : il s’agit d’éviter des conflits entre personnes. Il m’est arrivé à de nombreuses reprises lorsque je travaillais aux États-Unis de devoir relire un manuscrit soumis à publication. Je devais effectuer ce pensum le week-end et rendre une note au patron le lundi matin. Je me serais trouvé dans une situation particulièrement inconfortable si j’avais été contraint de justifier mes remarques auprès de l’auteur du manuscrit dont j’avais fait l’analyse. La plupart des « patrons » confient à leurs élèves cette lourde tache consistant à relire un manuscrit, ils en reçoivent des dizaines chaque semaine.

Pour conclure mes commentaires je pense que l’article de Naudet et coll. est un pamphlet dirigé contre le professeur Raoult. Les auteurs semblent méconnaître les pratiques courantes dans les mécanismes de publication rapide de travaux scientifiques. Je serais heureux que le sieur Florian Naudet me fasse personnellement part de ses remarques au sujet de mes critiques.